啤酒發酵后，大部分冷凝液會沉積在儲罐底部，少量會懸浮在酒液中，在后期的保存過程中會從啤酒中析出，導致酒體渾濁。因此，啤酒在灌裝前應進行過濾，過濾后的啤酒外觀和口感都會有所改善，穩定性也會有所提高。已過濾并放入容器中的啤酒可能仍含有細菌，必須進行滅菌以延長其保質期，最常見的是巴氏殺菌和膜過濾（膜過濾如下所述）。
巴氏殺菌法由法國微生物學家路易斯巴斯德發明，是一種在不影響食品質量的情況下殺死微生物的方法。巴氏殺菌是將食品加熱至68~70℃，保溫30分鐘，以殺滅食品中的致病菌和大部分非致病菌。啤酒廠采用隧道式巴氏殺菌機，將密封好的啤酒從隧道的一端緩慢輸送到另一端。多次噴灑不同溫度的水后，經過加熱、保溫、冷卻三個階段完成消毒。
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