藥與酒之間的緊密聯系我們在此前已經談及甚多，作為集古代藥學成果于大成、被譽為“東方藥物學巨典”的《本草綱目》中對于酒的記載更是繁如天星，充分說明了酒在中華醫藥學史上所占據的重要位置。
成書于明代的《本草綱目》既是對古代藥物學的系統總結，又是中國醫學史，尤其是藥學史上的一次偉大創新。作者李時珍的這一成就極大地促進了我國乃至世界傳統醫藥及其文化的發展。《本草綱目》所載藥物博大精深，其中酒藥的內容詳實而科學，其所收錄記載的1892種藥物中，涉及與酒同用者高達百分之九十五以上。
我國是世界上最早發明酒的國家，其谷物釀酒史可上溯到新石器時代。李時珍則是明確了酒的醫療應用最早被載入《黃帝內經》：“《本草》已著酒名，《素問》亦有酒漿，則酒自黃帝始，非儀狄矣”。
《本草綱目》在分類記錄上首創當時世界先進的藥物分類法，并融入了科學的生物進化的思想，即不僅采用了“析族區類，振綱分目”的分類法，而且在部類貫穿了“從微至巨，從賤至貴”的原則。由于酒的類別比較復雜多樣，所以時珍根據其釀制法、品色、藥用價值等方面的不同，結合常飲和入藥兩大用途，分別在釋名、集解及附方等板塊中進行分類。例如，按釀造原料分為秫、黍、粳、糯、粟、曲、蜜、葡萄等酒類;按釀造時間分為糟底酒、老酒、春酒;又按藥用配方分為五加皮酒、薏苡仁酒、牛膝酒、枸杞酒等諸多酒類。李時珍對酒的系統分類，為后來酒在食用、醫療、藥用價值方面提供了較科學的應用標準。
根據酒的不同釀制方法，李時珍總結了酒的兩大來源，“凡作酒醴須曲，而葡萄、蜜等酒獨不用曲”，即采用曲釀和非曲釀兩種。其中曲釀法的原料，以“糯為上，稷為中，粟為下”為原則，而且提出了入藥之酒，“專用糯米，以清水白面曲所造為正”，其功用顯著，品味純正。同時，時珍根據酒醴和曲蘗的不同：“酒則用曲，醴則用蘗”，針對當代的釀酒方法提出質疑，“以蘗造者，蓋止是醴，非酒也”，如果以醴代替酒，不僅氣味相距甚遠，而且入藥也達不到酒的效果，從而明確了酒曲是曲釀法釀酒的核心要素。
有趣的是，李時珍在《本草綱目》中還針對飲酒一事表達了自己的看法：“夫醇酒性大熱，飲者適口，不自覺也。理宜冷飲，有三益焉。過于肺，入于胃，然后微溫。肺先得溫中之寒，可以補氣。次得寒中之溫，可以養胃。冷酒行遲，傳化以漸，人不得恣飲也。”可以說，在科學識酒、科學飲酒這方面，李時珍的見解是一陣見血的
