見過酒廠釀酒的都知道，從大曲的制作到成曲的貯存管理，整個過程都是一個敞口開放的，所以微生物不難進入到大曲生產的全過程，而且一般規律，以空氣細菌較多，原料霉菌，場地酵母菌等。
【1】空氣
空氣素來有微生物的天然運輸者之稱。無論是土壤，水域，動植物之間的微生物，只要被卷入空氣當中，就會被帶到遠離原地而落入諸如制曲場地的地方。所以可以看出來，空氣中的微生物在數量上，品種上，都比任何一方要多。當然，主要原因還是因為空氣是流動性的，因此無法固定，某一種微生物的長期在空氣中存留，同時，又由于空氣中缺乏營養物質和足夠的水分，所以微生物在空氣中不會大量的繁殖，特別是光照直射，更不利于微生物的發育。很顯然，空氣只作為載體將微生物迎來送去，充當一個“助人為樂”的角色。
由于空氣中的流動性受季節的影響，因此空氣中的微生物在數量和種類上也受季節的影響。就比如細菌，冬天不與夏天，霉菌，和酵母菌夏天多于冬天。正是由于這一現象才出現了大曲制“伏曲”，南方曲優于北方曲等制作的自然現象。
【2】水分
很多時候微生物在水中的數量取決于水的質量，因為水源的不同，其它微生物的種類也各不相同。而天然水中的微生物多以桿菌居多；土地水中所含的微生物，品種數量都比較多，但仍與芽孢桿菌為主；地下水道的污水，所含微生物以寄生菌和腐生菌為主。微生物之所以能夠在水中大量存在和生長繁殖，完全是因為水中有機物可以作為它的營養成分。
然而在制曲時，使用的都是自來水，也就是人們所說的飲用水。根據推測，一毫升的自來水平均含微生物96個，其中細菌有95個，霉菌只有一個。而細菌中大多以大腸桿菌為最。由此可見制曲用水的微生物含量和種類是有限的，在參與大曲發酵的整個過程中，也有細菌行里加入，可以想象它的作用是多么強大！
【3】原料
在釀造大曲中所需的原料比如大麥、小麥、豌豆、高粱等等，都是未經任何化學的，物理的處理，而直接進入大曲制作現場的。可以想象其微生物含量的豐富。準確的說，原料是大曲微生物的主要來源，相比較，其他環節占絕對的優勢。原料從土壤中生長成熟，經曬去水分，之后到貯藏運輸等過程，都是在敞開的自然環境中進行的。原料上的微生物主要附著在其表面上，個別的微生物可以進入到其內部，因此，原料上有的，內部菌和外部菌之分。
【4】器具
既然上文提到了，大曲的制作是敞口進行的。不僅原料可以收羅空間微生物，而且用于大區生產的器具，也可以收羅微生物。此外器具還具備儲存殘留微生物的特點。所以無論是機制還是人工踩制大曲，它所用的器具或多或少的都會殘留曲料，當然這曲料就好比菌種，帶入下次的制曲操作中，盡管帶入下次的是有害的，但都會無可奈何的自然重復地交替作業。
所以說無論哪一個工序，都很難在微生物大曲生產中起到老大的作用。實際是：發酵前期即低溫培菌期時，細菌占了絕大優勢，其次就是酵母菌，最后才為霉菌。等發酵進入高溫轉化期時，細菌大量死亡，霉菌中的耐熱菌種取而代之，又占著強大的優勢。所以，大曲的發酵過程是一個彼此交融的過程，兼容“互生、共生、抗生”的。
