釀造小曲高粱酒時，淀粉轉化成糖的這一步驟叫做培菌糖化，也稱作箱。在糖化過程中，一定要格外注意，因為在糖化初期，酒曲中的釀酒微生物會利用糊精進行代謝，是一個吸熱的過程，說糟醅的溫度會有一定的下降。在糖化過程中，釀酒微生物就會分泌出糖化酶，而糖化酶分泌到一定量時，會作用于糊精，將糊精轉化成糖，而這是一個放熱過程，糟醅溫度會有一定的上升。
所以，糖化開始的溫度，一般需要控制在30℃左右，糖化結束時，溫度控制在35℃左右。
因此，不管在什么季節中，都要在糧食頂部蓋上蓋糟和稻殼（在冬天可以多蓋一點），這樣做可以保證溫度平衡，防止培菌時降溫過度，從而影響到糖化。不要小看蓋上蓋糟和稻殼這一舉動，因為好多釀酒師在這一過程上略有疏忽，不是蓋得不均勻，就是蓋薄了，從而影響到了出酒率。
小曲高粱酒采用的工藝是清蒸混入的續糟工藝，采用的是發酵過程中，在頭糧中加入3—4倍配糟的方法，通過這種方法來調節糟醅的水分、酸度以及淀粉濃度，保證糟醅的正常發酵，而這也是小曲高粱酒中有糟香的原因。
不過，有部分朋友將酒中的糟香誤認成了曲香，想要減輕或者除去這種味道。不過，想要減輕或者除去糟香，就得減少配糟的用量，而這樣做會影響到產酒和酒香。正確的做法是用小火餾酒，并且要及時斷尾，而對于糟香重的原酒，可以選擇進行適當的過濾處理。
