酒曲有很多種,但是總的說來分五種,分別是大曲、小曲、麥曲、紅曲還有麩曲。很多小的分類都是在這五種酒曲的基礎上進行的細分。
大曲,包括了傳統大曲、強化大曲和純種大曲。
傳統大曲有醬香酒曲(高溫曲)、濃香酒曲(中高溫曲)以及清香酒曲(低溫曲)。強化大曲添加了不同的純菌種,經過培養而成。純種大曲就是以單一純種菌種培養而成。
小曲,包括了黃酒曲、白酒曲和甜酒曲。
黃、白酒曲包括了傳統小曲,比如藥曲等,還有純種小曲,比如米粉根霉曲等。甜酒曲包括了傳統酒曲還有純種酒曲,比如濃縮甜酒曲等。
麥曲,包括了傳統麥曲和純種麥曲。
傳統麥曲包括專曲、草包曲等,純種麥曲包括窗子曲、盒子曲等。
紅曲,包括了傳統紅曲、純種紅曲、黃衣紅曲還有烏衣紅曲。
麩曲,包括了純種麩曲(通風曲、液體曲等)、細菌麩曲(芽孢桿菌培養的酒曲)和純種酵母(固態酵母、液態酵母、干酵母)。