在醬酒的發酵過程中，通常有兩種發酵方式，高溫堆積發酵與封閉發酵，也稱為“陽發酵”與“陰發酵”。
醬酒為什么采用兩種發酵方式，而其他香型的白酒多是采用一種發酵方式呢？這是因為醬酒的工藝、成分更加復雜，香氣更加豐富，因此需要兩種發酵方式，來積累更多呈香呈味的微生物。
堆積發酵的主要目的主要有三個：
其一，收集微生物。這是堆積發酵最主要的目的，堆積在廠房空曠地帶內的酒醅會吸附空氣中有益的微生物在其表面繁殖，高粱在堆積時會降解水分和淀粉濃度，從而提升糖分、酒精的含量。
其二，糖化發酵。酒曲自身攜帶的微生物以及高粱自身收集到的微生物會將淀粉進行糖化分解，酵母菌群能分解糖分，產生酒精，還能為隨后的美拉德反應提供蛋白質底物，增強醬酒的呈香效果。
其三，生香。讓醬酒擁有更多的香味物質是堆積發酵想要的結果，醬酒中的“乙酸乙酯，己酸乙酯、乳酸乙酯”等聚合物就是經過堆積發酵而產生的，這些聚合物讓酒體更加醇甜綿柔，讓醬酒在不同階段擁有不同的口感。
酒醅在經過堆積發酵后會放進窖池繼續發酵，也就是封閉發酵。
封閉式發酵也稱為陰發酵、厭氧發酵，酒醅放入窖池需要用窖泥密封，窖泥是無石塊、無雜物、無污染、含沙量低、腐殖質少的本地黃色或紫紅色黏性泥土。
窖池內壁及窖池底部在相對潮濕，潮濕的環境適合微生物生長，能夠賦予醬酒發酵生香的環境，有利于其酒質的提高，形成獨特的窖底香。
