在威士忌的生產中，有些水雖然不會與原材料或酒液直接接觸，但占據了酒廠用水量的絕大部分。為了維持水源不致匱乏，通常使用后二次處理循環使用，包括：
a，熱交換器的冷卻水
由于酵母菌的工作環境需在攝氏35度以下，因此麥汁或谷物糊在送入發酵槽之前，必須先通過熱交換機將溫度從原本的攝氏60度下降到20度左右。而熱交換機內使用的正是冷卻水，蒸餾廠在實際操作時必須考慮加溫降溫的能源使用效率，做一個整體規劃以節省能源成本。通常除了使用熱交換機進行互相調配，蘇格蘭終年低溫寒冷的環境也是一個天然的冷卻劑，酒廠會將熱水傳入戶外蓄水池來降溫，有效的節約成本進行資源循環利用。
b，冷凝水
用于冷卻剛剛蒸餾出來的低度酒或者新酒，由于冷凝的過程影響酒精蒸汽與銅冷凝管的接觸時間，而銅又有去除硫化物的功能，因此冷凝水的溫度高低除了影響冷凝的效率，同時也會影響蒸餾出來的酒液品質。因此在四季分明的蘇格蘭，通常夏季和冬季蒸餾出來的新酒風味有些許差異，這個差異就在于在不同季節溫度下，對于冷凝水溫度的管控誤差。但若在終年氣候一致的國家，不論是常年冷或熱，則不會存在這個偏差。
c，鍋爐用水
現在絕大部分的酒廠都在采用隔水蒸餾的方式。并非在下面用火直接燒蒸餾器，而是先將鍋爐中的水加熱，再將蒸汽導入蒸餾器中與原材料進行熱交換。這部分水汽因在密閉空間中循環使用而不致耗損。
d，清潔用水
糖化槽、發酵槽、蒸餾器以及所有的相連接的管線必須定期清潔，以避免微生物感染，或者殘留的水垢過多影響蒸餾效率和風味。清洗時不需要進行拆解，通常先以熱水加氫氧化鈉（蘇打）制成堿性水消毒清潔，隨后加入磷酸或硝酸制酸性水進行中和，最后加以洗滌劑、漂白劑、或其他消毒試劑進行去除殘留微生物消毒，最終以大量的清水沖洗。酒廠非常重視這個清潔環節，因為若清潔不夠徹底則一定會影響下次蒸餾出風味。這些水無法循環使用，酒廠必須依照環保法要求進行污水排放作業。
e，其他冷卻用水
少數酒廠在蒸餾器的天鵝頸或林恩臂上加裝的凈化器需要冷凝水，也有酒廠如格蘭冠「Glengrant」、大摩「Dalmore」、菲特凱恩「Fettercain」等直接在天鵝頸噴水冷卻。這些水在經過收集后可以循環使用。另有少數酒廠的不銹鋼發酵槽為雙層結構，內部保持一定溫度的水來控制所需的溫度，這些水的用途亦可以歸類于冷凝水，同時也可以循環利用。
馭凡教育表示，以上這些不與原材料直接接觸的水不需要達到飲用水標準，可以直接飲用河水或者井水，但若水質過硬，依然有可能會在器皿或者管線內產生水垢，酒廠會測試這些水質，來決定是否需要增加過濾工序。
