新生代第三紀（Tertiaire）
距今四千多萬年前，在新生代第三紀的漸新世（Oligocene），阿爾卑斯山的造山運動造成地表上升，海水再次逐漸消退，讓原本陷落的勃艮第海底又慢慢露出海面。地表板塊的擠壓又將這片剛升起的侏羅紀巖層推向西面的中央山地。
巖質較為柔軟的沉積巖碰上由硬質花崗巖構成的中央山地時，在交界處形成幾道隆起的褶皺，最后擠壓成南北向平行排列的山脈，推擠的過程中也形成了數道讓巖層碎裂、山脈陷落的斷層。
這片沉積巖山區最東面的第一道隆起山脈就是如今勃艮第的金丘、夏隆內丘及馬貢內的前身。造山運動讓地勢升起，同時也讓侵蝕的速度加快，風和雨水蝕刮山上的巖層將土壤和石塊帶到山下，在谷地形成堆積。金丘區的斷層帶造成的地層陷落也由碎裂的巖石和沖積物慢慢地堆出一片朝東的山坡。現在勃艮第接近山腳的許多葡萄園里，都堆積著這一時期沖刷下來的土壤和石塊。
新生代第四紀（Quaternaire）
距今兩萬年前，進入新生代第四紀。氣溫降低，地球進入冰河時期。勃艮第因位于冰凍區的邊緣地帶，夏季短暫的融冰加上第四紀五次冰河期的大融冰，對當地的侏羅紀山坡進行大舉侵蝕與沖刷，形成更為和緩的山坡，并在山坡上侵蝕出內凹的背斜谷，向外堆積成沖積扇，不只將山頂的巖石帶往山下，也形成特殊的微氣候。植物根系也對巖層產生侵蝕破壞作用，將巖層表面化為土壤，土壤也被沖刷到山下。第三紀與第四紀的堆積作用，累積形成了土壤深厚、肥沃平坦的布雷斯平原，今日勃艮第葡萄酒產區的大致面貌就在此時完成。
葡萄的根部可以向下扎得相當深，常達數米，不僅會穿過表土和底土，而且甚至可穿透巖層。研究葡萄園土質的重點不僅在于表土及底土，也在于對地下巖層的認識，畢竟土壤本身也是由巖層蛻變而成的。侏羅紀各時代的巖層雖然按照年代沉積下來，但勃艮第種植葡萄的區域剛好位于斷層帶上，因為板塊擠壓，巖層發生扭曲與傾斜，斷層的錯動更讓兩側的巖層垂直位移，使得葡萄園內的地下土質錯綜復雜。
博恩丘的特級園蒙哈榭和歇瓦里耶-蒙哈榭就是最好的例子。一條南北向的斷層橫過這兩個葡萄園的交界處，讓下坡處蒙哈榭的巖層往下陷落成 CallovienH巖層，位居上坡的歇瓦里耶-蒙哈榭則相對向上抬升，出現較古老的巴通階巖層。
土壤的形成
這個斷層意外地讓蒙哈榭葡萄園同時擁有夜丘和博恩丘的土質，形成相當復雜的組合。除了斷層，歷經上億年的自然侵蝕，包括風雨、溫差、酸堿變化及植物根部的作用等，巖石崩落，碎裂成小石塊，一些較為脆弱的泥灰巖也轉化為土壤，經年累月由雨水往山下沖刷，在巖層上慢慢堆積成土壤。
由于較大的巖塊相對不容易被帶到山下，所以上坡處通常坡度較陡峭，表土淺，石多土少，排水效果特佳，但無法蓄積水分，而且土地貧瘠，很難提供足夠的養分。下坡處則剛好相反，匯集了來自山上各種不同巖層的土質與石塊，坡度和緩，土壤較深，土質肥沃，不過結構黏密，排水效果稍差。
其實勃艮第大部分質量最好的葡萄園位于山坡中段，除了緣于氣候因素，也是因為地質條件比較均衡。葡萄園土壤的多寡和地下巖層的質地有關。若為堅硬的石灰巖，則不僅土少而且很難讓葡萄樹根往下伸展。但若是泥灰巖，即使位于高坡處也有蓄水的功能，葡萄根也容易穿透巖層。
除了自然的力量，人為因素也讓土壤產生了變化。
勃艮第的葡萄種植有近兩千年的歷史，已經讓地貌產生了重大改變。單獨種植同一種葡萄樹，而且每公頃多達1萬株，讓土壤內的養分與礦物質逐漸枯竭。此外，許多葡萄農曾自山區搬運土壤，以改善葡萄園的種植條件。最出名的是在18世紀，馮內-侯馬內村內的莊主 Philippe de Croonembourg自上夜丘山區搬運來四百輛牛車的紅土以改善歷史名園侯馬內-康帝的土質。
不過，現在葡萄酒法規已經禁止這樣的行為。重型機械也曾被用于給葡萄園整地。碎石機把堅硬的地下石灰巖層攪碎，加深土壤的深度，讓原本土層淺且貧瘠的土地更適合種植葡萄。但是，這種方法現在也被禁止使用，以保持葡萄園原本的特性。
通過碎石機磨碎巖床，也可以改造成不錯的葡萄園
這樣的技術也曾用于辟建全新的葡萄園，在勃艮第的山丘上有許多地帶因為巖層過于堅硬，甚至巖床外露，完全無法種植葡萄。這些地帶多位于高坡處，除了土壤的問題，其他條件都算優異，通過碎石機磨碎巖床，也可以改造成不錯的葡萄園，例如莫瑞-圣丹尼村的Rue de Vergy Chaumes des Narvaux等，甚至還包括一些一級園，如普里尼-蒙哈榭村的 Sous le Puits。無論如何，這些人工改造的葡萄園大多石多土少，需要更長的種植時間為土地帶來更多的生命力，以營造均衡的土壤環境。
